Tarihsel süreç içerisinde bazı şifalı bitkilerin iyileştirici özellikleri tespit edilmiş, kayıt altına alınmış veya toplumsal hafızaya yerleşerek sonraki nesillere aktarılmıştır. Zamanla yenileri keşfedilerek şifalı bitki kaynaklı ürünler ve bunlardan elde edilen ilaçlar günümüze kadar gelmiştir. Bitkilerin tedavi amaçlı kullanımı ile ilgili ilk yazılı belgelere Sümerlerde rastlanmaktadır.
Sümerler döneminde yaklaşık 250 civarındaki bitkinin tedavi amaçlı, ilaç yapımında kullanıldığından bahsedilmektedir. Özellikle alkaloit içeriğe sahip haşhaş gibi bitkilerin, bu amaçla yaygın olarak kullanıldığı bilinmektedir.
Bir Çin imparatoru tarafından yazılan, MÖ. 2500’ lü yıllara ait Pen T'Sao isimli kitapta bitkilerin köklerinden ve değişik otlardan hazırlanan 365 farklı ilaçtan bahsedilmektedir. Hindistan cevizi, biber, karanfil gibi bitkilerin geleneksel tıpta kullanımı Hintlilerle başlamıştır. Eski Mısırlılarda MÖ. 1500’lü yıllarda yazılan Ebers Papirüsleri’nde nar, hint yağı, aleo, sinemaki, sarımsak, soğan, incir, söğüt, kişniş, ardıç gibi 700 bitki türünün değişik hastalıkların tedavilerinde kullanıldığı yazılmaktadır.
Hipokrat’ın eserlerinde fizyolojik özelliklerine ve değişik hastalıklarda kullanım özelliklerine göre 300 civarında şifalı bitkiden bahsedilmektedir. Bu dönemde pelinotu ve kantaronun ateş düşürücü, sarımsağın bağırsak parazitlerini düşürücü, afyonun uyuşturucu olarak kullanıldığı bilinmektedir.
Eski Roma’da askeri bir hekim olan Dioscorides'in şifalı bitkilerle ilgili bulguları ve uygulamaları oldukça önemlidir. Birikimlerini “De Materia Medica” adlı eserinde yazmış olup, bu eserde tedavi amacıyla kullanılması önerilen toplam 944 ilaçtan 657'si bitkisel kaynaklıdır. Dioscorides tarafından sık kullanılan bitkiler arasında söğüt, papatya, sarımsak, soğan, ebegümeci, sarmaşık, ısırgan otu, adaçayı, kantaron, kişniş, maydanoz, deniz soğanı ile haşhaş, it üzümü gibi bitkileri de görmek mümkündür.
Dioscorides'in çağdaşı olan Pliny (23 AD-79), “Historia naturalis” adlı kitabında yaklaşık 1.000 civarında şifalı bitkiden bahseder. Romalı bir hekim ve eczacı olan Galen (MS 131–200), benzer veya aynı etkiye sahip ilaçları tasnif etmiş olup, “De succedanus” isimli eserinde bu bitkilerin kullanımından bahsetmiştir.
Orta Çağ'da Hristiyan din adamları kendilerini şifa kaynağı olarak görmeye başlamışlar olup, manastırlarda şifalı saydıkları bitkileri yetiştirmeye ve bunları tedavi amaçlı kullanmaya başlamışlardır. Tedavi amaçlı manastırlarda en fazla adaçayı, anason, nane, Yunan tohumu, tuzlu, solucan otu gibi bitkiler yetiştirilmiştir.
Bu dönemde devlete ait topraklarda adaçayı, deniz soğanı, süsen, nane, kantaron, haşhaş, ebegümeci gibi günümüzde de tıbbi özellikleri olduğu kabul edilen ve tedavi amaçlı kullanılan yaklaşık 100 farklı bitki yetiştirilerek tıbbi amaçlı kullanılmıştır. Özellikle adaçayı (Salvia officinalis L.) bu amaçla yaygın olarak üretilmiştir. Adaçayının Latince ismi eski Latinlerden “salvare” teriminden gelmekte olup, salvare "kurtarmak, tedavi edilmek" anlamına gelmektedir. Bugün bile tüm Katolik manastırlarında değişik aday çayları geleneksel olarak üretilmektedir.
Doğu toplumlarının bir kısmı ipek yolu sebebi ile ticari ilişki içinde oldukları Hindistan'dan çok sayıda yeni bitkiyi fitoterapiye kazandırmışlardır. Aloe, ölümcül itüzümü, henbane, kahve, zencefil, striknos, safran, zerdeçal, biber, tarçın, rheum, sinameki bu bitkiler arasındadır. Ortaçağ boyunca Avrupalı hekimler, John Mesue'nin (MS 850) "De Re Medica", İbn Sina'nın "Canon Medicinae" (980-1037) ve İbn Baitar'ın (1197) "Liber Magnae Collectionis Simplicum Alimentorum Et Medicamentorum" adlı eserlerini temel tıbbi kaynak olarak kullanmışlardır. İbni Sina’nın eserinde 1000'den fazla şifalı bitki ve bunların kullanımı tanımlanmıştır.
Marco Polo'nun tropikal Asya, Çin ve İran'daki yolculukları (1254-1324), Amerika'nın keşfi (1492) ve Vasco De Gama'nın Hindistan'a yaptığı yolculuklar (1498), birçok tıbbi bitkinin Avrupa'ya getirilmesiyle sonuçlanmıştır. Botanik bahçeleri tüm Avrupa'da bu dönemlerde ortaya çıkmaya başlamış, tüm yeni keşfedilen bölgelerden ithal edilen şifalı bitkilerin yetiştirilmesi için girişimlerde bulunulmuştur.
Amerika'nın keşfiyle birlikte “Materia medica” çok sayıda yeni şifalı bitki ile zenginleştirilmiştir. Bu dönemde cinchona, ipecacuanha, cacao, ratanhia, lobelia, jalapa, podophylum, senega, vanilla, mate, tütün, kırmızı biber Avrupa’da tanınmaya başlamıştır. Bu dönemde kinin kabuğunun tıbbi amaçla kullanımı İngiltere, Fransa ve Almanya'da hızla yayıldı.
Paracelsus (1493-1541), ham bitkilerden ve mineral maddelerden kimyasal olarak hazırlanan ilaçların ilk savunucularından biri olmuştur. Bu dönemde bitkilerin toplanmasında astrolojik olaylara dikkat edilmesi gerektiğine kesin olarak inanıyordu. Bu nedenle bir bitkinin şifalı olduğuna karar verebilmek için bitkilerin üzerinde “Tanrının imzası” olarak tanımlanan bir kısım ilahi işaretler aranmıştır. Bu inanca göre, Tanrı, bazı hastalıkların tedavisi için şifalı bitkilerin görünümüne kendine ait işaretler bırakmıştır..
Örneğin, Avşarotu (Asarum europaeum) bitkisi karaciğeri andırır; dolayısıyla bu bitki karaciğer hastalıklarına faydalı olmalıdır. Bir kantaron türü olan Hypericum perforatum L., bitkisinin yapraklarının yılan ve akrep sokmalarını andırması sebebi ile yara ve yılanların sokmaların tedavisinde faydalı olacağına inanılmıştır.
Eski insanlar şifalı bitkileri Orta Çağ'da ve özellikle 16. ve 18. yüzyıllar arasında basit farmasötik formlar (infüzyonlar, kaynatmalar ve merhemler) olarak kullanırken, bileşik ilaçlara olan talep gün geçtikçe artmaya başlamıştır.
19. yüzyılın başları, şifalı bitkiler hakkındaki bilgilerin ve kullanım özellikleri için bir dönüm noktası olmuştur. Haşhaş (1806), ipecacuanha (1817), strychnos (1817), kinin (1820), nar (1878) ve diğer bitkilerden alkaloitlerin keşfi ve izolasyonunun ardından glikozitlerin izolasyonu, şifalı bitkilerle ilgili bilimsel çalışmaların başlangıcı olmuştur. Kimyasal yöntemlerin geliştirilmesiyle birlikte, bu bitkilerden tanenler, saponositler, eterik yağlar, vitaminler, hormonlar vb. gibi diğer aktif maddeler izole edilmeye başlanmıştır.
19. yüzyılın sonlarında ve 20. yüzyılın başlarında, birçok araştırmacı şifalı bitkilerden elde edilen ilaçların, bu bitkilerin kurutulması sürecinde fitobileşenlerinin kimyasal değişimlere uğraması sebebi ile yeterince etkili olamayabileceğini savunmuşlardır. Bu dönemde şifalı bitkilerin iyileştirici etkilerinin bitkilerin kurutma ve koruma durumuna göre değişim göstereceği savunulmuştur. 19. yüzyılda, saf formda izole edilen terapötikler, alkaloidler ve glikozitler, izole edildikleri şifalı bitkilerin yerini giderek almaya başlamışlardır.
20. yüzyılın başlarında, taze tıbbi bitkiler, özellikle kararsız tıbbi bileşenlere sahip olanlar için stabilizasyon yöntemleri geliştirilmiş olup, tıbbi bitkilerin üretim ve yetiştirme koşullarının araştırılmasına yönelik standartların geliştirilmesi ile ilgili çalışmalarda belirgin bir artış gözlenmiştir
Kimyasal, fizyolojik ve klinik çalışmalar yardımıyla çok sayıda unutulmuş bitki ve bunlardan elde edilen ilaçlar yeniden kullanılmaya başlanmıştır Bunlarını arasında özellikle Aconitum, Punica granatum, Hyosciamus, Stramonium, Secale cornutum, Filix mas, Opium, Styrax, Colchicum, Ricinus gibi bitkilerden elde edilen ilaçları saymak mümkündür.
Günümüzde birçok şifalı bitki, halk tarafından doğrudan veya bir doktor, eczacının önerisi ile kullanılmaktadır. Bu nedenle bitkisel ürünlerin sentetik ilaçlarla (tamamlayıcı tıp) birlikte kullanımı önerilmektedir. Bitkisel ilaçlar ve bitkisel preparatlar, yaygın olarak tanımlanmış aktif bileşenlerinin doğrulanmış etkileri sebebi ile terapötik araçlar olarak kullanılmaktadır. Avrupa'nın önde gelen bitkisel preparat üreticisi ve tüketicisi olan Almanya'da, etkinliği uygulanan doza ve tanımlanan aktif bileşenlere bağlı olan preparatlarla fitoterapi uygulamaları önerilmektedir. Bu fitobileşenlerin etkinliği deneysel ve klinik testlerle desteklenmiş olup, bu preparatlar standartlaştırılarak yaygın olarak kullanılmaktadır. Bu nedenle şifalı bitkilerin kuru veya taze kısımları (bitkisel maddeler) bitkisel ilaçlar, bitkisel işlenmiş ürünler ve geleneksel ürünlerin hazırlanmasında kullanılabilir.